С падането на България под османска власт през 1396 г. богомилството отслабва и скоро престава да съществува . Но каква е истинската причина за това ? Официалната теза е , че разгромяването на основния враг на богомилите - православната църква , е обезсмислило ереста . Съществува обаче теория , че богомилите приемат исляма или католицизма .  Стефан Цанев излага  следните  факти в книгата  си  ,,  Български  хроники.  Том  1 " .    В Кралство Босна 2/3 от населението са били богомили заедно с болярството . След завземането на Босна от турците през 1463 г. на мястото на богомилите се появяват славяни , пак 2/3 от населението , говорещи на сръбски и изповядващи исляма . Възможно ли е и тук да е станало същото - част от богомилите доброволно да са преминали към исляма. А друга част от тях да са станали католици - след падането на Видин под унгарска власт през 1365 г. в тази област са дошли францискански монаси с цел да покатоличат населението . Според 1 писмо до главния предстоятел на францисканския орден най - лесно минавали към католицизма манихеите и патарените - сиреч павликяните и богомилите . Навсякъде , където се появяват помаци или католици , е имало богомилски общини - Пловдив , Родопите , Западна Македония и Косово и т.н.  
   Освен това  в Македония  българомохамеданите са   наричани  торбеши.  Така са наричали  богомилите  заради   характерната  торба, която  носели  на  гърба  си.   За това,  че  богомилите  са приели исляма,  пишат  и други изследователи. 
     Арабистът   Киряк Цонев за  паралелите   между богомилството  и исляма :      

   ,,   В Босна съществуват гробове на богомили с кръстове. В моите проучвания стигнах до извода, че богомилите много по-лесно са приели исляма, отколкото православното християнство.                                                                                            - На каква база почива тезата ви?                                                        - На тази, че между исляма и богомилството има и доста общи неща. Богомилите отричат иконите. В исляма икони няма. Богомилите дават предимство на покорството, а така е и в исляма. Богомилите са за мира, което е и в основата на исляма. Самата дума „ислям" включва у себе си понятието "мир". Затова за тях е било много по-лесно да го приемат и да го пренесат в Босна и в районите около нея. "    1
   
   В  статия  на  списание  тема за българите  в Косово  и  Албания  четем :  
    ,,   ,,  Потомци на богомили

Из Кукъска Гора мой гид е известният историк, график и резбар Назиф Докле. Той смята, че нашенци са  торбеши, потомци на прогонените богомили, намерили убежище из високите планини в Косово, Македония и Северно Косово. Богомилите отричали кръщението с вода, проповядвали пряка връзка между човека и Бога, без посредничество и икони. Богомилите отхвърляли символа на кръста, преклонението пред иконите и християнската йерархия. “Нашенци в Албания казват: “Попът, като си нямал работа, кръстил кобилата”, а в района на Призрен: “Поп, като си нямал работа, кръстил ярето”, обяснява той.
Назиф Докле казва, че богомилите са приели исляма заради общите неща в религиите. Ислямът няма икони, храмовете му са прости и служат само за молитва. Богомилите са били прогонени, прокълнати от църквата, отдалечени от православната църква и те видели в исляма упование. В богомилството има дуализъм - присъстват доброто и злото. Жените в Гора се борят срещу силите на  Сотона (Сатаната), опасен много за трудните жени и децата, Гробник (духа), Вампира, Шейтана (дявола), джин, Джебраил. "2
  Има  обаче и мнения,  че  богомилите  не са изчезнали  така.  Според М. Глишев ,,  Всъщност богомилите нито изчезват безследно, нито се оказват чак толкова социално деструктивни.                                                                                                 На Балканите въпреки всичко остават села на павликяни, които не се потурчват и запазват особената си вяра чак докъм средата на XIX в. Към тях особено активно е насочена католическата пропаганда. Любен Каравелов свидетелства, че "вече съвсем са се окатоличиле" едва по негово време. Йордан Иванов в етнографската си работа събира много павликянски приказки, които са си живо фолклорно наследство в началото на ХХ в. А в "Haeresis Bulgarica" Гражина Шват дори твърди, че наследството на богомилите е оказало влияние върху модерната българска литература. "   3

  1  www.monitor.bg/articlе

 
 2  temanews.com/index.php 
                                                                                                                                                                                                                                                    3  nauka.bg/forum/index.php

 

затова и най-често след това(в 15-16 век) преследването и насилствените потурчвания както и изтезаванията на православните мъченици се е извършвало от "новите " мюсюлмани и помаци.

Исляммът се оказа лакмус за истинската същност на богомилската ерес- антихристиянско демоничната сила.

Без вякаква претенция да спомена, че за съжаление данните за богомилите и изповядваната от тях вяра в Бога са преди всичко от техните врагове. Може би Анна Комнина дава най-достоверни данни за тях. Така или иначе те са определяни от някои историци като продължители на павликяните и в разселването им на Запад, особено в Южна Франция, съдействащи за протестантския дух в лицето на патарени и катари...